一般情况下，公司是可以代替员工扣除一些需要缴纳的费用的，其中公司就需要为员工缴纳个人所得税，一般情况下我们的工资超过3500的就会缴纳个人所得税。下面，为了帮助大家更好的了解相关法律知识，沐沐网小编整理了相关的内容，希望对您有所帮助。

允许扣除的工资薪金怎么计算

企业合理的工资、薪金予以据实扣除，这意味着取消实行多年的内资企业计税工资制度，切实减轻了内资企业的负担。但允许据实扣除的工资、薪金必须是“合理的”，对明显不合理的工资、薪金，则不予扣除。今后，国家税务总局将通过制定与《实施条例》配套的《工资扣除管理办法》对“合理的”进行明确。

第三十四条企业发生的合理的工资薪金支出，准予扣除。

前款所称工资薪金，是指企业每一纳税年度支付给在本企业任职或者受雇的员工的所有现金形式或者非现金形式的劳动报酬，包括基本工资、奖金、津贴、补贴、年终加薪、加班工资，以及与员工任职或者受雇有关的其他支出。

另，如果您公司有研发费用支出或有残疾人员工备案的话，研发人员和残疾员工的工资是可以在所得税前加计扣除的。

第九十五条企业所得税法第三十条第(一)项所称研究开发费用的加计扣除，是指企业为开发新技术、新产品、新工艺发生的研究开发费用，未形成无形资产计入当期损益的，在按照规定据实扣除的基础上，按照研究开发费用的50%加计扣除;形成无形资产的，按照无形资产成本的150%摊销。

第九十六条企业所得税法第三十条第(二)项所称企业安置残疾人员所支付的工资的加计扣除，是指企业安置残疾人员的，在按照支付给残疾职工工资据实扣除的基础上，按照支付给残疾职工工资的100%加计扣除。残疾人员的范围适用《中华人民共和国残疾人保障法》的有关规定。

企业所得税法第三十条第(二)项所称企业安置国家鼓励安置的其他就业人员所支付的工资的加计扣除办法，由国务院另行规定。

财企[2007]194号第一条规定，企业研发费用包括：

(一)研发活动直接消耗的材料、燃料和动力费用。

(二)企业在职研发人员的工资、奖金、津贴、补贴、社会保险费、住房公积金等人工费用以及外聘研发人员的劳务费用。

(三)用于研发活动的仪器、设备、房屋等固定资产的折旧费或租赁费以及相关固定资产的运行维护、维修等费用。

(四)用于研发活动的软件、专利权、非专利技术等无形资产的摊销费用。

(五)用于中间试验和产品试制的模具、工艺装备开发及制造费,设备调整及检验费,样品、样机及一般测试手段购置费,试制产品的检验费等。

(六)研发成果的论证、评审、验收、评估以及知识产权的申请费、注册费、代理费等费用。

(七)通过外包、合作研发等方式,委托其他单位、个人或者与之合作进行研发而支付的费用。

(八)与研发活动直接相关的其他费用，包括技术图书资料费、资料翻译费、会议费、差旅费、办公费、外事费、研发人员培训费、培养费、专家咨询费、高新科技研发保险费用。

以上内容就是相关的回答，一般情况下，公司给员工发工资也是需要缴纳一定的税费的。企业发生的合理的工资薪金支出，准予扣除，研发人员和残疾员工的工资是可以在所得税前加计扣除的。如果您还有其他法律问题的可以咨询沐沐网相关小编。